Лично я как-то приноровился уже.  Сравниваю объявления по номерам через отчет UTM метки, а в ссылках в Директе кодирую их так: &utm_medium={gbid}&utm_content={banner_id}

Номера групп и объявлений быстро ищутся через Директ Коммандер. 

Для моих задач хватает - можно быстро выяснить конверсионные группы и объявления.

Так что, не хнычте :) Кому сильно нужно, тот осваивает инструменты и терпит небольшие неудобства.   

Теме не менее, я за то, чтобы в основном отчете Роистат группы и объявления отображались сразу, чтобы не делать лишние телодвижения.    

Только пост-анализом, - выявлять подозрительно короткие звонки (с высокой вероятностью, что пропущенный), и делая о них уведомления.

Ну наконец-то Яндекс созрел для оффлайн-конверсий. Если не ошибаюсь, вот это API:
https://tech.yandex.ru/metrika/doc/api2/management/offline_conversion/upload-docpage/

В качестве неудобного, но частично полезного решения я пока использую utm метки с цифровыми идентификаторами групп. В Директ Коммандере нахожу по номеру - какое название группы.

А как вам такой вариант: сделайте просто php скрипт (на который натравливать вебхук на начало звонка) и выложите его на гитхабе или у себя в справке, пусть юзеры на свой хостинг ставят и используют, Будет ли это дешевле в поддержке и безопасно в плане защиты интеллектуальной ценности от конкурентов?