"Я вижу эту задачу следующим образом: если приходит новая заявка через наш механизм проксирования сделок (заявки с сайта через наш скрипт, коллтрекинг, ловец лидов, jivosite, callbackhunter), то проверять, не было ли уже заявок с этого номера телефона или email.

Если заявка была, то проверяем, в каком статусе сейчас сделка этого клиента. Если "в работе", то не создаем новую. Если "оплачена" или "отменена", то создаем.

Все верно или есть уточнения?"

Верно.